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新中国成立初期，高等教育体系驳杂、性质各异，对旧的高等教育体制的改革，是作为社会制度改革的一个组成部分，自上而下、自始至终在政府的指导方针下进行的。20世纪50年代初高等学校在专业教学领域的改革，则是全面按照苏联模式进行。当时提出“以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合性大学”的方针，一方面在大学体制改革上，对综合性大学进行了拆分和调整，建立以单科大学（学院）为主的新的大学体制和“大学—系—教学研究组”的新的大学内部组织系统。这种体制的调整，是为国家经济建设、特别是重工业发展服务的，所以调整中重点发展专门学院，主要是工业学院，基本建成了机械、电机、土木、化工等较齐备的高等工科教育体系。如1952年南京工学院成立时，设有建筑工程系、机械工程系、电力工程系、电信工程系、土木工程系、化学工程系、食品工业系共7个系，多年来这七个系经过再进一步细分、组合和增设，除却分出我校的食工系，仍然都是我校最重要的院系。另一方面在大学教学改革上，采取按照苏联大学的模式制定教学计划、教学大纲，翻译使用他们的教科书，展开教学过程。其中最主要的特点是设置了许多专业，进行窄而专的专业教学。在这一时期，南京工学院从教学内容、教学方法到各教学环节，如习题课、实验课、考试考查、各类实习、课程设计、毕业设计等，逐年推行了苏联的教学经验。在教材上，除刘敦桢先生等主编的《中国建筑史》外，都经历了由采用苏联教材到自编教材的过程。苏联教学模式重视技术基础和实践教学环节，这对当时快速培养工业建设人才是有利的，1957年应国家发展农业机械化的需要，南京工学院机械系扩分为机械一系和机械二系，机械二系即农业机械工程系。当时为了早出农机专业毕业生，直接将机制专业学生25名转为农机专业，1958年我校就有了第一批农机专业毕业生，快速适应了国家工业化的需要。但是专业设置太窄太细，如许多工科专业不是按学科而是按设备来划分，在科技迅速发展后又限制了人才的培养。实际上，在60年代初已认识到这一问题，根据国家的《高教60条》意见，一批我国自编教材陆续问世，而在当时物质条件还十分困难的情况下，南京工学院教师接受各教材编委会的委托，先后编写出版了40余种教材，如吴大榕编著的《电机学》，三年间印刷6次，发行量达6万余册。70年代高校恢复教学秩序后，各专业教材编审委员会陆续恢复，南京工学院因在教学成果和教材编写上的卓越成绩，先后有齐康、鲍家声、钱钟韩、陈来九、杨思文、管致中、吴伯修、韦钰、邓学钧、徐德淦等149名教师被聘为这些编委会（或教指委）的主任委员、委员等，在一些重要的全国学科课程和教学指导会议中，发挥了重要作用，如南工无线电系教师在1977年电子工业部召开的教材规划会议上，对新的教学计划改革提出“专业面要宽，基础要厚，适应性要强”的指导原则在全国得到了推广；而在70年代末全国工科院校恢复金属工艺学课程的过程中，南工教师也起了关键作用。
教学制度的改革（包括教学内容、教学方法和教学组织过程）从某种意义上讲比体制改革对中国大学的影响更为深远，从最初的学习苏联到结合自身实际，再到开拓创新，南京工学院各主要院系在学科上的教学实践，都在历史的浪潮中保持了稳定发展和逐步领先，从各个院系的历年发展中挑选出来的这些深浅不一的脚印，才汇成了一所大学前行的道路方向，毕竟“平坦的大路虽然能够顺利通行，但是只有泥泞的道路，才能留下足迹”。
一、建筑工程系东南大学建筑系的历史可以上溯至1923年“江苏公立苏州工业专门学校”设立的建筑科。1952年院系调整后，建筑系随工学院独立，成为“南京工学院建筑系”，当时引进苏联的教研机构组织方式，建筑系成立“设计”“营造”“美术”3个教研组，教研组主任分别由刘光华、张镛森、李汝骅担任。1953年“中国建筑研究室”成立，地点设于建筑系，刘敦桢任主任。同年，该室开始民居及苏州古典园林调研。
20世纪50-60年代，刘敦桢先生和童寯先生在中国营造学社开创系统研究中国古代建筑史的基础上，对园林史、民居等重要古典建筑进行了研究和调查，并取得重要成果。这一系列重要成果包括：
（1）1956年，刘敦桢在南京工学院举办的“第一次科学讨论会”上发表《苏州的园林》报告，1957年由《南京工学院学报》出版单行本，这是他和“中国建筑研究室”关于苏州园林的初步研究成果，后来据此修改的专著《苏州古典园林》（刘敦桢著），于1979年由中国建筑工业出版社出版，并与《综合医院建筑设计》（杨廷宝著）同获全国首届“科学大会奖”。该书其后多次再版，并被翻译成多国文字海外发行，被称为“研究中国古典园林的经典著作”。同年，《中国住宅概说》（刘敦桢著）由《南京工学院学报》刊印单行本，1957年由中国建筑工程出版社正式出版。
（2）1958年的全国建筑历史学术讨论会决定开始“建筑三史”（《中国古代建筑史稿》《中国近代建筑史稿》《建国十年来的建筑》）的编纂。刘敦桢作为负责人之一，参加了编纂工作并任《中国古代建筑史》的主编，参与编写的还有潘谷西、郭湖生及研究室其他成员。“三史”的编纂工作，后来以《中国建筑简史》为名发行，分为两册，第一册是古代部分，第二册是近代部分，于1962年由中国工业出版社出版。而大型图片画册《建筑十年》则在1959年底发行。
（3）1959年，刘敦桢组织国内高等学校和科研单位的许多同志编写《中国古代建筑史》，该书费时七年，前后八稿，至1966年最终定稿。因受“文革”影响，实际于1980年由中国工业出版社正式出版。《中国古代建筑史》是20世纪70年代末出版的最重要的建筑史研究专著，也是经典教材之一。该书集中反映了自新中国成立后至1966年的研究成果，浩繁而严密。后来国家统编教材《中国建筑史》也一直由南京工学院担任主编单位，并由刘敦桢先生的弟子潘谷西教授担纲主编，1982年7月《中国建筑史》由中国建筑工业出版社出版第一版，这是我国第一本专门为全国高等学校编写的中建史教材，至2012年已出版6版，多次荣获全国优秀教材奖。
（4）童寯在20世纪30年代初开始调查，1937年完稿的《江南园林志》，作为宝贵的文献资料，于1963年重新整理后出版，1984年重订第二版，由中国建筑出版社发行。1983年，童寯撰写的英文版《东南园墅》一书成稿，同年童寯病逝。1984年《造园史纲》（童寯著）由建工出版社出版。《近百年西方建筑史》（童寯主编）由南京工学院出版社出版，1986年获建设部特别荣誉奖。
在建筑系方面：
（1）1954年，刘光华根据1950年教育部颁发的建筑系建筑设计组、市镇计划组课程草案编写了《市镇计划》作为高等学校交流讲义，由高教部教材编审处和上海商务印书馆出版，成为新中国自主编写的最早系统阐述社会主义城市规划的教材之一，也是南京工学院城市规划专业在社会大变革时代的重要研究成果。1961年，南京工学院作为牵头单位之一，组织编写全国首部《城乡规划》教材。清华大学负责编写上册“总论和城市总体规划”部分，南京工学院和同济大学合编下册“城市详细规划设计和农村人民公社规划”部分。
（2）1961年，建工部成立“建筑学教材编审委员会”，杨廷宝任主任委员，刘敦桢、张镛森任委员。委员会确定由南京工学院建筑系主编7本教材：刘敦桢主编《中国建筑史》、杨廷宝主编《建筑概论与设计初步》、张镛森主编《建筑构造》、成竟志主编《精密仪器厂及钙粉厂建筑设计》、刘光华主编《居住建筑原理》、张烈主编《城市道路》、李汝骅主编《水彩》。
（3）70年代末，建筑系全面恢复了教学工作，着手编订南工特色的教材，修编了一系列教材如《建筑构造》《中国建筑史》《图书馆建筑设计》《公共建筑设计基础》和《精密厂房建筑设计》等。
（4）80年代建筑系师生除有大量优秀设计作品问世，也在教材建设上有新的著述出版，《建筑画环境表现与技法》（钟训正著）由建工出版社出版，此后并多次再版。潘谷西教授和他的学生杜顺宝教授担纲“中国建筑史”的教学工作，结合当时的教学环境和实践教学，自编参考教材《江南园林图录》，又测绘出版了《曲阜孔庙建筑》（中国建筑工业出版社，1987年12月）。
二、机械工程系机械工程系是我校最早建立的工程类型系科。它起源于1916年兴办的南京高等师范工艺专修科，历经东南大学工科机械工程系、中央大学工学院机械工程科（系）、南京大学工学院机械工程系，南京工学院机械工程系和东南大学机械工程系，迄今已逾100载春秋。
南京工学院初建时，机械系即派出青年教师陈定华、苏华钦、虞鸣祉、吕庸厚、容延龄、温文源、吴天林、陈定武等分赴哈工大、东北工学院、清华大学参加由苏联专家讲学的研究生班或学习班，他们学成返校后都成为各学科的业务骨干。1955年，孙一源作为进修教师去苏联学习农业机械，这是新中国成立后南工机械系首次派人出国学习。
在课程建设上，50年代初机械系各课均采用苏联教材译本。在消化吸收苏联教材的基础上，1954年机械原理教研组主任黄锡恺根据教育部批准的高等工业学校机械类各专业用“机械原理”教学大纲，编写了《机械原理》教材，由高等教育出版社出版。这是新中国成立后南工机械系教师编写出版的第一本高校教材。这本教材文字流畅，逻辑性强，深受我国许多工科院校欢迎，在国内享有很高声誉，该书于1956年、1963年、1965年、1980年、1981年和1989年连续修订出版了六版，曾获得国家奖，并被推荐为国外交流教材。截至1966年，机械系教师主编出版的全国通用教材有：《机械原理及机械零件》（余长庚、郭务仁）、《金属工艺学》（陈毓龙主编）、《铸造车间设计原理》（曹公才主编）、《特种铸造》（容延龄主编）和《铸造合金原理》（舒光翼）等。
1957年机械系分为机械一系（含机制、铸造二专业和金工教研组、实习工厂）和机械二系（含农机、汽拖二专业和制图、机械原理及机械零件教研组）。1960年，农机部根据农业机械化发展的需要，决定每个大区办一所农机院校，华东区以南京工学院的农机、汽拖两专业为基础在镇江建立镇江农机学院（80年代改名为“江苏工学院”，现为“江苏大学”）。从1958至1960年两年多时间内，机械系为支援新校建设，累计调走中青年骨干教师70余人，60年代初，因为农机相关专业的调出，同时全国停办“大炼钢铁”，冶金系也随之撤销，在保留传统铸造专业方向的优势基础上，机械系开始增设电子机械方向的专业发展。
“文革”期间，全国工科院校的金属工艺学课程都被取消，许多学校的金工教研组被解散，70年代末，南工机械系金工教师不畏劳苦，在全国范围进行调查并组织全国性会议讨论金工课程的地位和作用，终使金工课程重新列入教学计划。在恢复金工课程中，南工教师起了关键作用，故被推选为国家教委课程指导小组组长，并主持编写金属工艺学统编教材。
据1986年资料统计，机械系当时全系教师177人，参加编写教材的89人，共编写各种教材56种。其中《机械原理》（黄锡恺、郑文纬主编）获全国高校优秀教材奖；《机械设计基础》（杨可桢、程光蕴主编）获国家教委高校优秀教材一等奖；《电子工业专用机械及设备设计》（叶琪根、徐祥和等）、《金属切削机床液压传动》（章宏甲、周邦俊主编）分获机械委高校优秀教材一、二等奖。另外，《金属工艺学》（陈毓龙、冯铁强主编）、《机械原理及机楲零件》（余长庚、卢玉明主编）、《电子设备结构设计原理》（邱成悌等）、《公差与技术测量》（范德梁）、《无线电元件制造工艺及设备》（陈义平等）、《微型计算机绘图及程序设计》（杨中凡）等教材也在全国范围发行，受到兄弟院校好评。当时还编著出版了一批具有较高水平的专著，如《机械零件的可靠性设计》（卢玉明）、《冶金传输原理》（苏华钦）、《机械设备的故障诊断与工况监视》（黄仁）、《液体静压和动静压滑动轴承设计》（许尚贤）等。
2018年机械系黄仁教授去世后，他的家人将其历年的研究著述、教学用讲义和出版教材的原稿、油印本等资料捐赠给图书馆保存。